GIS和MIS都是以计算机为核心的信息处理系统，都具有数据量大和数据之间关系复杂的特点。但GIS主要处理空间数据，例如，土地资源、森林资源、交通运输网络、人口分布等数据。而MIS(Management Information System)主要处理物资、设备、资金、产量、库存、劳动力以及人事档案、生产合同、计划任务等非空间数据。

在大型MIS系统中集成部分GIS功能，这种应用模式将越来越广泛。同时，组件式地理信息系统和WebGIS技术有利于实现MIS和GIS的无缝集成。